暴雨初歇的东京街头，潮湿的空气裹挟着金属般的冷冽气息，仿佛连风都在为即将到来的危机而颤抖。柯南紧握着侦探徽章，上面浮现的加密坐标泛着幽蓝的光，在他掌心微微发烫。灰原哀的实验室里，全息投影的蓝光将众人的脸庞映得冷峻，光点在三维地图上缓缓勾勒出南极圈附近的轮廓，冰原之下的量子信号如同深海巨鲸低沉的脉动，带着令人不安的频率，每一次波动都像是黑暗中的心跳。
“坐标指向南极洲的威尔克斯地。”灰原哀纤细的手指在操作台滑动，将卫星影像放大到极限。冰层深处，隐约可见金属结构的轮廓若隐若现，如同沉睡在千年寒冰下的巨兽，“那里存在着违反物理法则的能量波动，常规探测器在接近时会出现时间流速紊乱的现象。”她不自觉地抬手触碰脖颈，那里的紫色纹路再次泛起微光，仿佛在与远方未知的能量源进行某种神秘的共鸣，“根据现有数据推测，任何贸然闯入的物体都可能被卷入时空漩涡。”
与此同时，东京湾海底深处的秘密实验室中，气氛压抑得令人窒息。黑衣首领的虚影在量子矩阵中逐渐凝聚成形，他周身环绕的紫色数据流如同活物般翻涌，每一道光芒都散发着冰冷的杀意。他伸手触碰悬浮在空中的紫色晶体残片，嘴角勾起一抹阴鸷的冷笑：“意识的容器即将完成，这次，我要将你们困在永恒的量子囚笼里。”随着他的低语，实验室墙壁上的六芒星装置开始高速旋转，发出令人牙酸的嗡鸣，将更多紫色数据流注入海底光缆，为即将到来的阴谋积蓄力量。
五人小队乘坐着特制的量子潜水艇，穿越南极圈的冰裂缝隙。潜水艇的外壳在冰层挤压下发出不堪重负的呻吟，舱内的仪表盘疯狂闪烁，红色警报声此起彼伏。安室透盯着不断跳动的数据，眉头紧锁：“时间流速正在变慢，我们的每一秒，外界可能已经过去数小时。”他的声音中带着一丝难以察觉的焦虑，“如果不能尽快完成任务，等我们返回时，东京或许早已物是人非。”赤井秀一举起改装过的望远镜，透过冰层裂隙，远处那座由紫色晶体构成的巨型建筑巍然矗立，表面流转着诡异的时空波纹，仿佛是一扇通往异次元的大门。
当潜水艇艰难地在冰原登陆，地面突然剧烈震动，仿佛沉睡的巨兽被惊醒。无数紫色藤蔓破土而出，如同贪婪的触手，瞬间将众人卷入地下空间。柯南与小兰被藤蔓分开的瞬间，侦探徽章与小兰的金色印记同时迸发强光，光芒交织成一道绚丽的屏障，却仍无法阻止时空的扭曲。柯南眼睁睁看着小兰的身影在紫色光芒中逐渐模糊，心中涌起一阵强烈的不安：“兰！一定要坚持住！”
灰原哀与快斗被困在一座悬浮的量子迷宫中，四周的墙壁如同巨大的显示屏，不断投射出两人内心深处最恐惧的画面。灰原哀的瞳孔猛地收缩，眼前出现了组织阴森的实验台，姐姐宫野明美冰冷的尸体躺在手术台上，嘴角还挂着未干的血迹；快斗则惊恐地看着青子被紫色数据流无情吞噬，她的尖叫声在迷宫中回荡，刺痛着他的心脏。“别被幻象迷惑！”快斗强压下内心的恐惧，甩出一张闪光扑克，然而光线在迷宫中无限折射，反而让那些可怕的幻象更加真实，仿佛他们已经深陷噩梦无法自拔。
安室透与赤井秀一闯入核心控制室，眼前的景象让他们的瞳孔骤缩。数百个玻璃舱整齐排列，舱中漂浮着不同时间线的自己，有的身着警校制服，有的穿着黑衣组织的装束，每个舱体都连接着紫色晶体，正在源源不断地抽取他们的意识数据。首领那充满嘲讽的声音从四面八方传来：“欢迎来到时间的牢笼，你们的每一次挣扎，都在为我的重生提供能量。在这个永恒的囚笼里，你们的反抗毫无意义。”
柯南在混乱中与小兰失散，独自闯入一座布满镜面的房间。每个镜面都映照着不同时间线的自己：高中生侦探工藤新一意气风发，江户川柯南眼神坚毅，还有一个被紫色数据流同化的傀儡，眼神空洞，机械地重复着诡异的动作。“这就是你的命运。”首领的虚影出现在镜中，他的声音充满蛊惑，“当意识与量子空间融合，你将永远无法逃脱。你所珍视的一切，都将在时空的洪流中化为乌有。”
小兰在另一处空间发现了被困的灰原哀和快斗。看到同伴们陷入困境，她手心的金色印记突然爆发出强大的能量，光芒如同太阳般耀眼。她挥舞着金色能量链，将迷宫的紫色藤蔓尽数斩断，坚定的声音在空间中回荡：“新一在等我们，我们不能在这里倒下！只要我们齐心协力，就没有克服不了的困难！”三人合力突破迷宫，然而此时整个地下建筑开始剧烈崩塌，时空出现了一道道狰狞的裂缝，仿佛世界即将走向末日。
安室透与赤井秀一在控制室发现了量子核心装置，那是一个巨大的紫色球体，正贪婪地吸收着抽取来的意识数据。两人深知这是敌人阴谋的关键，冒险发动攻击，却引发了剧烈的时空震荡。实验室的墙壁开始龟裂，时间与空间的界限变得模糊。关键时刻，灰原哀等人及时赶到，快斗甩出特制的魔术卡牌，卡牌在空中绽放出奇异的光芒，暂时封印了装置的能量输出，为众人争取到了宝贵的时间。
柯南在镜屋中冷静分析，终于找到破解幻象的关键——每个镜面都存在细微的量子波动差异。他利用侦探徽章的频率检测功能，如同在迷雾中寻找灯塔，终于找到了真实空间的入口，与众人会合。五人对视一眼，眼中闪过坚定的光芒，他们集中火力攻击紫色球体，金色数据流与紫色量子能量激烈碰撞，整个空间都在颤抖，仿佛天地都在为这场终极对决而战栗。
剧烈的爆炸中，时空裂缝开始愈合，紫色光芒与金色光芒交织成绚丽的烟火。首领的虚影在能量风暴中逐渐消散，然而他那阴森的声音仍在回荡：“量子世界没有终结...你们终将成为时空的囚徒...”随着紫色晶体的崩解，被困的意识数据如潮水般回归原位，冰原下的建筑也在时空乱流中化为尘埃。
当五人小队重新回到潜水艇时，灰原哀迅速启动检测程序，南极圈的量子异常已暂时平息，但她的表情依旧凝重：“这次的事件揭示了更可怕的真相——首领似乎掌握着操控时空的量子技术。他就像一个隐藏在时空阴影中的猎手，随时可能再次发动攻击。”柯南握紧徽章，看着屏幕上逐渐消失的紫色信号，眼神坚定如铁：“不管他躲在哪个时空，我们都会找到他。因为真相，永远不会被时空掩埋。就算跨越千山万水，历经千难万险，我们也绝不放弃！”
在返回东京的途中，量子潜水艇的舷窗外，南极的极光与残留的紫色数据流交织成奇异的光带，如梦如幻，仿佛在诉说着这场跨越时空的战斗远未结束。而在某个未知的量子维度，黑衣首领的意识碎片正在暗流中蛰伏，等待着下一次苏醒，新的危机正在黑暗中悄然酝酿。