柯南等人在毛利侦探事务所内，围绕着赤井秀一身上出现的神秘纹身和警局发现的奇怪金属碎片，展开了紧锣密鼓的调查。阿笠博士在实验室里，运用各种精密仪器对金属碎片进行成分分析和结构扫描，而其他人则在海量的资料中查找与纹身相似的图案。
光彦和步美在书房里，将从图书馆和网络上搜集到的各类符号学、神秘学书籍堆满了桌子，一页页仔细翻找。元太虽然对这些繁琐的资料查找工作不太擅长，但也在一旁帮忙整理书籍，时不时凑上前去看看有没有类似纹身的图案。
“柯南哥哥，这些书里的图案好多啊，感觉眼睛都看花了，还是没找到和赤井先生纹身一样的。”步美揉了揉眼睛，有些沮丧地说道。
“别灰心，步美。这个纹身既然和黑衣组织的符号有关，肯定不会那么容易找到。我们再仔细找找，说不定就在下一页。”柯南一边安慰步美，一边自己也在电脑上搜索着各种偏门的学术论坛和神秘学网站，希望能从世界各地的爱好者分享中找到一些线索。
灰原哀则在一旁运用她对黑衣组织的了解，对已知的相关符号进行深入分析和推理。她试图从黑衣组织以往的行动和研究方向中，推测出这个纹身可能代表的意义。
“从我们之前掌握的信息来看，黑衣组织的这些符号似乎都围绕着某种神秘力量的掌控和运用。这个纹身也许是他们内部一个重要分支或者特定仪式的标志。”灰原哀一边在纸上记录着自己的思路，一边说道。
此时，阿笠博士从实验室匆匆赶来，手中拿着几张分析报告。
“孩子们，金属碎片的分析有结果了。这种金属的成分非常奇特，它含有几种地球上极为罕见的元素，而且制造工艺极其先进，远远超出了我们现有的认知。根据我的推测，这种金属很可能不是来自地球，或者说，是通过某种特殊的技术手段合成的，而这种技术，很可能与黑衣组织一直追求的神秘能量有关。”阿笠博士的话让众人吃了一惊。
“不是来自地球？难道黑衣组织和外星文明有联系？”元太惊讶地张大了嘴巴。
“目前还不能确定，但这无疑为我们的调查又增添了一层神秘色彩。而且，这种金属的发现，也许和赤井秀一身上的纹身有着某种间接联系。”柯南说道。他的大脑飞速运转，试图将这些看似零散的线索串联起来。
就在这时，柯南放在桌上的手机突然震动起来，是之前在学术论坛上发布符号信息的回复提醒。柯南急忙打开手机查看，其中一条回复引起了他的特别关注。
“这位朋友，你所发布的符号，与我们家族流传下来的一本古籍上的图案极为相似。据家族传说，这些图案与一场古老的祭祀仪式有关，这场祭祀仪式据说能打开通往另一个世界的大门。但具体情况，由于年代久远，已经不太清楚了。如果你对此感兴趣，可以来米花市郊外的红叶村找我，我叫山本一郎。”
柯南将这条回复念给众人听，大家都觉得这可能是一个重要线索。
“柯南，这个山本一郎的说法听起来很玄乎，但说不定和黑衣组织的计划有关。我们要不要去红叶村一趟？”毛利小五郎问道。
“我觉得可以去看看。目前我们的线索有限，任何可能的线索都不能放过。而且，红叶村离米花市不远，往返也比较方便。”柯南说道。
经过一番准备，柯南、毛利小五郎、灰原哀和少年侦探团一同前往红叶村。车子行驶在乡间小路上，两旁的树木郁郁葱葱，与城市的喧嚣形成鲜明对比。但众人的心情却并不轻松，都在猜测着即将在红叶村遇到的情况。
到达红叶村后，他们按照地址找到了山本一郎的家。那是一座古朴的日式庭院，周围种满了红叶树，此时正值秋季，红叶如火，景色十分美丽。
众人敲响了院门，不一会儿，一位白发苍苍但精神矍铄的老人打开了门。
“你们就是在论坛上联系我的人吧？快请进。”山本一郎热情地将众人迎进院子。
进入屋内，山本一郎从一个古老的木盒中取出一本已经有些泛黄的古籍，小心翼翼地翻开。
“你们看，就是这些图案，和你们在论坛上发布的很相似吧。”山本一郎指着古籍上的图案说道。
柯南等人凑近一看，果然，古籍上的图案与他们之前看到的黑衣组织的符号以及赤井秀一身上的纹身有着诸多相似之处，只是更加复杂和完整。
“山本先生，您能给我们讲讲关于这些图案和那个祭祀仪式的具体情况吗？”柯南急切地问道。
山本一郎点了点头，缓缓说道：“据家族流传下来的说法，在很久很久以前，我们村子里有一位名叫青叶的巫女。她偶然间得到了一本神秘的经书，上面记载着这些奇怪的图案和一场祭祀仪式。据说，通过这场祭祀仪式，可以与另一个神秘的世界建立联系，获得一种强大的力量。但这种力量过于强大，一旦失控，将会给人间带来巨大的灾难。青叶巫女深知其中的危险，便将经书和仪式的秘密隐藏了起来。然而，随着时间的推移，这个秘密还是被一些心怀不轨的人知晓了。”
“那些心怀不轨的人，会不会就是黑衣组织？”灰原哀问道。
“这个我就不清楚了。但从你们描述的黑衣组织的所作所为来看，很有可能。而且，近年来，村子周围时常出现一些奇怪的现象，比如夜晚会有神秘的光芒闪烁，偶尔还能听到一些奇怪的声音。我们都怀疑，是不是和这个古老的秘密有关。”山本一郎忧心忡忡地说道。
柯南等人在红叶村展开了进一步的调查。他们走访了村子里的一些老人，试图从他们口中得到更多关于神秘祭祀仪式和奇怪现象的信息。在调查过程中，柯南发现村子附近的一座古老神社似乎隐藏着什么秘密。神社的建筑风格与普通神社略有不同，而且周围的气场也让人感觉有些异样。
“我们去神社看看吧，说不定能找到更多线索。”柯南说道。
众人来到神社前，发现神社的大门紧闭，门上挂着一把生锈的大锁。但柯南注意到，门旁的墙壁上有一些奇怪的划痕，仔细一看，竟然是他们一直在研究的符号。
“这些符号肯定是某种提示，我们找找看有没有其他线索。”柯南说道。
众人开始在神社周围寻找，终于，在神社后方的一棵大树下，发现了一块松动的石板。移开石板，下面露出一条通往地下的通道。
“看来这里别有洞天，大家小心点。”柯南说着，带头走进了通道。通道内阴暗潮湿，弥漫着一股陈旧的气息。众人小心翼翼地沿着通道前行，突然，前方出现了一扇石门，石门上刻满了各种符号和图案，正是他们一直在寻找的那种。
柯南仔细观察着石门上的图案，试图找出打开石门的方法。经过一番研究，他发现图案中隐藏着一种特殊的顺序，按照这个顺序触摸图案上的特定位置，石门缓缓打开。
门后是一个宽敞的密室，密室中央摆放着一个巨大的石棺，石棺上同样刻满了符号。在石棺周围的墙壁上，画着一些奇怪的壁画，描绘着一场盛大的祭祀仪式，人们围绕着一个散发着光芒的球体，表情虔诚而狂热。
“这个石棺和壁画，到底隐藏着什么秘密？难道和黑衣组织的计划有直接关联？”毛利小五郎看着眼前的一切，疑惑地问道。
就在这时，密室里突然响起了一阵低沉的嗡嗡声，石棺开始微微颤抖。众人顿时紧张起来，不知道即将面对什么......他们能否揭开石棺和壁画的秘密？这个神秘的地方与黑衣组织又有着怎样千丝万缕的联系？柯南和他的伙伴们再次陷入了重重迷雾之中，但他们的决心却更加坚定，一定要在这迷雾中找到真相，阻止黑衣组织可能的疯狂行动。