三界重归安宁的第三年，希望之树已亭亭如盖，树冠垂落的光带将神界装点得如梦似幻。姜瑶光在树下搭建的祈福台香火鼎盛，万民信念化作点点金芒融入树干；雪璃则整日研究破妄镜的残片，试图拼凑出更多未知的预言；阿木闭关调养神魂，归墟花田在阿青残留火灵的滋养下，重新绽放出圣洁的光芒。
然而，在希望之树根系最深处，那抹曾被众人遗忘的暗赤色光点突然开始膨胀。它如同一颗沉睡的毒瘤，悄无声息地吞噬着地底的灵气，将纯净的能量染成诡异的暗红。某天深夜，正在巡逻的神界守卫惊恐地发现，花田中的归墟花竟在月光下渗出黑色汁液，花瓣朝着天空扭曲生长，形成一张张狰狞的人脸。
“不好！有异动！”守卫的呼喊声划破夜空。姜瑶光与雪璃几乎同时赶到，只见希望之树的树干上浮现出与灭世文相似的纹路，那些纹路如同活物般游动，所到之处，树皮寸寸皲裂。雪璃急忙祭出破妄镜残片，镜中景象令她瞳孔骤缩——在宇宙最边缘的混沌地带，一颗暗赤色星球正在成型，星球表面布满锁链状的沟壑，沟壑深处隐约可见命轮之主那令人不寒而栗的暗赤色瞳孔。
“他...他还活着！”雪璃的声音带着颤抖，“这三年的平静，都是他设下的陷阱！”话音未落，希望之树突然爆发出一股强大的吸力，将方圆百里的灵气尽数吞噬。姜瑶光立刻祭出七星膳灯，九色火焰却在接近树干的瞬间被吸入纹路之中，反而助长了黑暗力量的蔓延。
阿木在闭关处感受到异常，强行冲破修炼桎梏。他周身缠绕着未愈的金色神力冲出密室，却发现自己的力量在靠近希望之树时竟开始紊乱。命轮之主的笑声再次在众人识海中炸响：“阿木，你以为摧毁我的分身就能高枕无忧？真正的命轮，早已在混沌中重塑！”
暗赤色星球传来剧烈震动，无数道暗赤色光柱从天而降，直击三界各处。人界的河流开始倒流，水中浮现出密密麻麻的灭世文；妖界的山脉扭曲成锁链的形状，将妖群困在其中；冥界的奈何桥崩裂，厉鬼趁机逃出幽冥。更可怕的是，那些曾被阿木等人解救的神界子民，眼中竟重新泛起暗赤色的光芒，如同被操控的傀儡般，举起武器攻向同伴。
“他们被暗物质侵蚀了神魂！”阿木挥动金色长枪挑开攻击，枪尖却在触及敌人的瞬间被染成黑色。他突然想起父亲神魂中一段模糊的记忆——在远古时期，曾有一位神秘的“混沌先知”留下预言：“当暗星升起，唯有以魂火为引，集齐万界本源，方能斩断命运的枷锁。”
雪璃的破妄镜残片突然自动拼接，镜中映出万界本源的线索：在人界的昆仑之巅，镇压着创世神的一缕清气；妖界的万妖之森深处，沉睡着万物生长的灵髓；冥界的九幽之渊，封印着轮回的本源之力。但每一处本源都被强大的禁制守护，贸然夺取极有可能引发天地崩塌。
“我们分头行动！”阿木当机立断，“姜瑶光留守神界，稳住希望之树；雪璃随我前往人界，寻找创世清气；同时派人通知妖界与冥界的强者，务必抢在命轮之主前拿到本源！”他话音刚落，天空中突然降下一道暗赤色锁链，直直朝着雪璃缠去。阿木本能地挥枪阻拦，却发现锁链上的灭世文竟与自己体内的神力产生共鸣，震得他虎口发麻。
在妖界，万妖之森的树木全部倒转生长，树根朝天形成巨大的牢笼。妖界之主带领群妖奋力抵抗，却发现攻击对禁制毫无作用。更诡异的是，一只本已死去百年的妖皇残魂突然苏醒，它周身缠绕着暗赤色能量，手中握着一把刻满灭世文的弯刀，狞笑着冲向万妖之森的核心。
而在冥界，九幽之渊的封印开始松动，无数厉鬼涌出。孟婆的汤碗碎裂，轮回盘停止转动，整个冥界陷入混乱。冥王亲自坐镇，却发现封印的裂缝中渗出的不是阴气，而是与命轮之主同源的暗物质。更可怕的是，那些逃出的厉鬼在接触暗物质后，竟变异成强大的幽冥怪物。
阿木与雪璃日夜兼程赶到昆仑之巅，却见山顶被一层暗赤色的雾气笼罩，雾气中传来无数凄厉的哀嚎。当他们踏入雾气的刹那，无数幻象涌来——阿木看到自己亲手毁掉三界，雪璃则目睹同伴们在自己眼前灰飞烟灭。“不要被幻象迷惑！”雪璃咬破舌尖，将鲜血甩向破妄镜，镜光撕破幻象的瞬间，他们终于看到了创世清气的封印之处。然而，封印前却站着一位身披黑袍的神秘人，他手中握着的，竟是阿青的火灵……