原本伏特加降智送菜的主线剧情，在江怀瑾横插一脚后，导致死神小学生的信息严重匮乏，在琴酒和伏特加下车后，才得知了炸弹的存在。更糟糕的是，这个炸弹不仅性能未知，连爆炸时间和方式都不清楚，这让栗田纯和柯南都感到十分棘手。
面对如此困境，两人决定暂时分头行动，在列车里寻找可疑的目标。柯南在几个车厢的过道里来回踱步，他的目光扫过每一个角落，但黑色手提包却随处可见，根本无法判断哪个才是真正装有炸弹的。而且，这些乘客是否去过餐车也难以确定，这无疑增加了调查的难度。
“岂可修！”柯南不禁低声咒骂。就在他感到有些绝望的时候，突然想起了一个细节——那个魁梧大汉似乎动过扶手烟灰缸。虽然当时他并没有听到他们的对话，但后来假装路过时，确实看到了一些微末的烟灰痕迹。而在此之前，他们在餐车的时候，似乎并没有抽烟。
柯南的脑海中迅速闪过各种可能性，“那么，他们要见的人，也就是带走黑色手提包的人，很有可能是讨厌抽烟的。”他暗自思忖道。然而，禁烟车厢一共有八辆，这个范围仍然太大了，要在这么多车厢中找到那个可疑的人，简直如同大海捞针一般困难。
……
跟柯南现在才知道不一样，其实早在之前，栗田纯就已经开始留意起那两个神秘的黑衣人了。这一切都要归功于那个戴着眼镜的小鬼，他上蹿下跳的行为实在是太引人注目了，再加上先生之前对这两个人的特别关注和态度，使得栗田纯也对他们产生了浓厚的兴趣。
后来，栗田纯听到了一阵轻微的敲击声。他的耳朵敏锐的捕捉到了，声音的来源——是那个瘦高男子正在用手指轻轻敲击着玻璃，发出一种有节奏的声响。
栗田纯的心中一动，他意识到这可能是一种摩斯密码，是瘦高男子在向他的同伴传递一些不能直接说出口的信息。他集中精力，仔细聆听着那声音的节奏和规律，试图解读出其中的含义。
随着时间的推移，栗田纯的眉头渐渐皱了起来。他终于听明白了，瘦高男子传递的信息竟然是……炸弹！
一想到炸弹，栗田纯的瞳孔骤然收缩，一股寒意从脊梁上升起。他不禁想起了曾经经历过的一场可怕事件。当然不是他自己在摩天轮上被炸死。而是——
hagi。
那个黑色中长发、紫罗兰色柳叶眼的幼驯染，总是在他的脑海中挥之不去。每当提到炸弹，他就会不由自主地想起hagi，想起他们之间的点点滴滴……
作为经过系统培训的他，跟柯南可不一样，他一扫瘦高男人提的行李箱，就知道大概可以装4亿日元。能掏得起这个钱，说明对方是个不差钱的主儿，那么……
二楼的头等车厢吗？似乎有三辆啊……
……
时间来到近三点，栗田纯与柯南碰面，最终得出了七号车厢二楼的禁烟车厢这一线索。
江怀瑾还是很关心柯南与栗田纯各自的进度，毕竟，爆炸是他不愿意看到的事。虽然过程比较波折，但最终还是到了三选一的环节。
哦不，这次好像是四选一吧？
栗田纯小声与柯南密谋，最终以某小学生依仗得天独厚的小孩子身份，装作好奇心爆棚，问东问西。
嗯，成功得到四五个头槌之后，终于把某看似肌肉猛男，实则内心是卡哇伊的胖次控给排除了。
这时候栗田纯再出来伪装他的监护人道歉，一通鞠躬加私密马赛，成功解救了被一众人口诛笔伐，唾沫横飞的柯南。
……
还有七分钟啊，江怀瑾抬起手腕，看了看手表上的时间。灵识再次连接上栗田纯的视角，是啊，冰傀儡本就是仿照赤砂之蝎的父与母所做，父与母曾多次借助查克拉线的操控投身战斗，没道理他的冰傀儡，会成为独立的个体，不是吗？
在江怀瑾的灵识不干涉他的情况，栗田纯自然还是那个前刑警，可江怀瑾心意一动，这个前刑警不就和父与母没有差别？
……
还剩下三个人：一个耳聋的老爷子，一个看起来非常有钱的金融男，以及一个号称没有去过餐厅的紫色西装女人。
这两个黑衣男子既然已经离开了，那就意味着他们大概率不需要亲自去引爆什么东西。他们的在场与否似乎并不是那么重要。那么，这个所谓的引爆装置到底是什么呢？是定时炸弹吗？以栗田纯敏锐的耳力，他并没有听到任何计时器的声音。这就排除了定时炸弹的可能性。
那么，这个引爆装置会不会是由现在手提包的主人在不知情的情况下按下引爆开关呢？想到这里，栗田纯和柯南的目光落在了那三个人身上。金融男的笔记本电脑、紫色西装女人的行动电话，还有老爷子的随身听……
……
最后一分钟，只有那广播声在空气中回荡，显得格外刺耳。两人听到这声音，脸色瞬间变得惨白，如同被抽走了全身的力气一般，身体猛地一颤。
他们对视一眼，没有丝毫犹豫，像离弦的箭一样，一路狂奔到车厢连接处。柯南迈着他那小巧的步伐，拼命想要追上前面的栗田纯，但无奈他的腿太短，速度始终比不过对方。
栗田纯安慰柯南，“像这种事……交给专家就好了……”
话毕，他倏忽恍惚了一阵，他现在，只能算是一个不被官方承认的幽灵专家了吧……
就在柯南快要追上栗田纯的时候，那女子已经打响了电话，隐约能听到她在摩西摩西……只见栗田纯突然一个箭步冲上前，如闪电般迅速地伸出手，一把夺过了箱子。柯南瞪大了眼睛，眼睁睁地看着箱子被栗田纯扔出了窗外，心中涌起一股期望，一定一定要成功啊……
boon！
剧烈爆炸声在高空响起，感受到余波的人不免面色大变，距离最近的紫西装女人更是吓得瘫坐在地，都仿佛不会呼吸了，啊，不，她口中发出嗬嗬之音，极其痛苦的倒在地上。
柯南刚跑过来就见到这般情景，忙上前试探鼻息与脖颈之间，不行，没救了，线索又断了，岂可修……
事情的最后，新干线被迫停下，虽然有栗田纯与柯南的口供，但警方在所有的监控里，都没找到他们描述的黑衣男子，至于死去的紫西装女人，她的死因是心源性猝死，只能猜测是直面爆炸导致的突发性心肌梗塞……